软件企业的税负不超过3%的按实际来计税负，超过3%的税负是3%。
1、根据《财政部国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》规定：增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按百分之17税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过百分之3的部分实行即征即退政策。
2、根据《财政部国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》规定：我国境内新办的符合条件的软件企业，经认定后，在2017年12月31日前自获利年度起计算优惠期，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照百分之25的法定税率减半征收企业所得税，并享受至期满为止。
3、符合条件的软件企业按照《财政部国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》规定取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
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